Orang Islam mendapat kekuasaan di Mesir bergantung kepada pelbagai faktor, antaranya termasuklah politik dalaman Byzantine, tahap keimanan dan kesukaran untuk menjaga empayar yang terlalu luas. Puak Byzantine telah cuba untuk mendapatkan kembali Iskandariah, tetapi diambil semula oleh 'Amr pada tahun 646. Pada tahun 654, armada penaklukan dihantar oleh Constans II telah berjaya dihalang. Bemula sejak itu, tiada lagi usaha bersungguh-sungguh untuk menguasai kembali negara itu.

Amr ibn al-Aas mempunyai sokongan ramai di Mesir terutama dari kalangan Kristian Qibti. Dalam buku "The Great Arab Conquests", Hugh Kennedy menulis yang Cyrus, gabenor Rom, telah mengusir partriark Qibti, Benjamin, menjadi buangan. Apabila Amr menduduki Iskandariah, orang besar Qibti yang bernama Sanutius memujuknya untuk mengeluarkan jaminan selamat untuk Benjamin dan menjemputnya kembali ke Iskandariah. Apabila dia tiba, selepas tiga belas tahun dalam buangan, Amr melayannya dengan baik. Dia kemudiannya diarahkan gabenor untuk kembali mengemui Gereja Qibti. Dia menyusun pemulihan biara di Wadi Natrun yang dimusnah oleh Kristian Kalcedonia, yang bangunan itu masih berfungsi sehingga kini. [43]

Hugh Kennedy turut menulis "Ahli biografi patriark Qibti Benjamin memaparkan imej betapa partriark itu berdoa agar panglima Islam Amr berjaya mengatasui Kristian Cyrenaica. Benjamin hidup hampir dua puluh tahun selepas kejatuhan Mesir ke tangan orang Islam dan mati secara terhormat pada 661. Jasadnya dikembumikan di biara St Macarius, tempat dia dimuliakan sebagai santa. Tidak diragui yang dia memaikan peranan besar dalam memastikan Gereja Qibti diselamatkan" [43] Partriak Qibti Benjamin turut mendoakan Amr apabila dia menuju untuk menguasai Libya.[44]

Hugh Kennedy menyambung lagi "Lebih hebat lagi ialah kenyataan John dari Nikiu. John bukanlah suka dengan pemerintahan Muslim dan sangat lantang mengecamnya, tetapi dia mengatakan tentang Amr: 'Dia memungut cukai yang telah ditentukan tetapi dia tidak mengambil satu pun harta gereja, da dia tidak melakukan sebarang rampasan atau jarahan, dan dia kekal sebegitu sepanjang hayatnya'"[45] Dia turut menulis "Dalam banyak-banyak penaklukan Islam yang awal, penaklukan Mesir adalah yang paling pantas dan lengkap. Dalam tempoh dua tahun, seluruh negara berada di bawah pemerintahan Arab sepenuhnya. Yang lebih menakjubkan, Mesir kekal di bawah pemerintahan Islam sejak itu. Jarang dalam sejarah menyaksikan perubahan politik yang sebesar begitu berlaku dengan pantas dan bertahan sangat lama" [45]

'Uqbah ibn Nafi' kemudiannya menjadikan Mesir sebagai tapak pelancarannya untuk bergerak merentasi Afrika Utara sehinggalah ke lautan Atlantik.[46] Hugh Kennedy menulis yang apabila Uqbah tiba di Lautan Atlantik, dia dikatakan menunggang kudanya ke dalam laut sehingga air laut mencapai ke paras dadanya, dan menjerit 'Ya Allah, jika laut ini tidak menghalang aku, sudah tentu aku akan menjelajah bumi seperti Iskandar Zulkarnain, mempertahankan agamamu'. Kennedy menulis lagi yang imej pahlawan yang menakluk dengan nama Tuhannya dan hanya dihentikan oleh lautan menjadi satu kisah yang amat penting dalam sejarah penaklukan. [47]

Fustat, ibu negara baharu

Dengan kejatuhan Iskandariah, orang Islam menjadi tuan di Mesir. Ketika zaman penaklukan tersebut, Iskandariah ialah ibu negara Mesir. Apabila Iskandariah ditakluki oleh tentera Islam, rumah yang ditinggalkan oleh Byzantine telah didiami oleh orang Islam. Orang Islam kagum dan tertarik dengan Iskandariah, "ratu bandar". 'Amr berharap agar Iskandariah kekal menjadi ibu negara Muslim Mesir.[3] Dia menulis surat kepada Khalifah memohon kebenaran melakukannya. 'Umar menolak cadangan tersebut memandangkan Iskandariah ialah bandar maritim dan sentiasa terdedah kepada serangan tentera laut Byzantine.[48]

Beliau mencadangkan yang ibu negara haruslah dibina di kawasan yang lebih dalam di bahagian tengah, tempat yang tiada air yang terlalu banyak memisahkan antaranya dan Arab.[49] Seperti yang dijanjikan dengan Cyrus, kekayaan Mesir di Iskandariah tidak disentuh dan orang Rom dan Yunani dijadikan tahanan. Penduduk berbangsa Yunani diberikan pilihan, sama ada kembali ke wilayah Yunani dengan selamat tanpa sebarang harta mereka, atau tinggal di Iskandariah dengan membayar Jizyah. Sesetengah mereka memilih untuk tinggal, manakala yang lainnya pergi ke tanah jajahan Byzantine yang lain.

'Amr kemudiannya memilih tapak yang sesuai dijadikan ibu negara Mesir. Pilihannya ialah pada kawasan yang dia pacakkan khemah ketika pertarungan Babylon. Khemahnya dipasang lebih kurang suku batu timur laut kubu itu. Dikhabarkan selepas peperangan itu tamat, dan tentera menuju ke Iskandariah, mereka mula mencabut khemah dan mengemas utuk bergerak, didapati seekor merpati bersarang di atas khemah dan sedang mengeram telurnya. 'Amr mengarahkan agar khemah itu dibiarkan berdiri tanpa diusik. Tenteranya pun berarak pergi meninggalkan khemah itu di dataran Babylon. Disebabkan itu, 'Amr melihatnya sebagai isyarat dari langit. Dia memutuskan yang "di mana merpati bersarang, di situ orang membina bandar". Memandangkan khemah 'Amr merupakan pusat kepada bandar tersebut, bandar itu dinamakan sebagai Fustat, yang bermakna khemah dalam bahasa Arab. Struktur binaan yang pertama dibuat ialah masjid yang kemudian dikenali sebagai Masjid 'Amr ibn al-'As.[42] Bandar Fustat dibina di timur Babylon. Lama-kelamaan, Fustat membesar dan merangkumi kota lama Babylon. Ia menjadi bandar yang sibuk dan pusat komersil Mesir.[50]

Pembaharuan Khalifah Umar

Untuk mengukuhkan pemerintahannya di Mesir, 'Umar mengenakan jizyah kepada semua penduduk tempatan Mesir. Walau bagaimanapun, ketika zaman pemerintahan Bani Umaiyah, cukai yang lebih tinggi dikenakan ke atas penduduknya.

Dengan izin 'Umar, 'Amr ibn al-'As membina sebatang terusan untuk menghubungkan Sungai Nil dengan Laut Merah; yang bertujuan untuk membantu pedagang dan Arab lebih maju dengan kewujudan laluan dagang yang baru. Tambahan pula, ia akan membuka pasaran baru untuk peniaga Mesir dan membuka laluan yang mudah untuk pasaran Arab dan Iraq. Projek ini dipersembahkan kepada Khalifan 'Umar, yang meluluskannya. Terusan digali, dan dalam masa beberapa bulan, dibuka kepada pedagang. Ia dinamakan Nahar Amir ul-Mu'mineen iaitu Terusan Amirul Mukminin yang merujuk kepada jawatan Khalifah 'Umar.[51]

'Amr turut mencadangkan satu lagi projek iiatu menghubungkan Laut Merah dengan Laut Mediterranean.[52] Projek itu sekali lagi dicadangkan kepada 'Umar untuk kelulusan beliau, tetapi 'Umar melihatnya sebagai ancaman keselamatan negara dan menolaknya dengan sebab ia akan menjadi laluan mudah untuk tentera laut Byzantine memasuki Laut Merah dan mengancam Madinah itu sendiri.[3] Projek ini, walau bagaimanapun, disiapkan 1300 tahun kemudian dan dinamakan Terusan Suez seperti yang ada sekarang ini. Setiap tahun, Khalifah mengarahkan jizyah yang dikutip digunakan untuk pembangunan dan memperbaiki jambatan dan terusan.[53] Arab kekal menguasai negara itu sehingga tahun 1250, apabila ia jatuh ke kekuasaan Mamluk.